『賢者の石』の研究場所が「第五研究所」であることをつきとめたエドとアル。
廃墟のはずのその場所には、厳重な警備と数々の罠が仕掛けられていた。
そして、エドとアルに襲い掛かる二つの黒い影、死刑囚ナンバー48とナンバー66の正体とは……。

脚本：高山カツヒコ　絵コンテ：岩崎太郎　演出：岩崎太郎　作画監督：向田 隆

失ったすべてを取り戻すため、エルリック兄弟が追い求めてきた『賢者の石』。
それは夥しい生きた人間を犠牲にして作られるものだった。
エドは衝撃の事実に打ちのめされるが、やがてマルコーの残したメモ、「真実の奥の奥」の意味を確かめる事を決意する。

脚本：高山カツヒコ　絵コンテ：中津 環　演出：中津 環　作画監督：伊藤秀樹

マルコーの残した『賢者の石』の研究資料を求めて、再びセントラルを訪れたエドとアル。
しかし資料の保管場所であるセントラル図書館・第一分館は、火災により焼失。
目撃者の証言から、推測される犯人は……”傷の男・スカー”。


脚本：石川 学　絵コンテ：笹木信作　演出：大槻敦史　作画監督：杉浦幸次

スカーによって破壊された機械鎧の修理の為、リゼンブールへと向かうエドとアル、そして護衛のアームストロング。
マルコ－から密かに受け取ったメモには、『賢者の石』に関する研究資料の隠し場所が記されていた。
その場所は、セントラル図書館・第一分館。二人は、ようやく掴んだ『賢者の石』の手がかりに向け、今また出発する。

脚本：會川 昇　絵コンテ：京田知己　演出：橋本昌和　作画監督：関口可奈味

スカーによって破壊された機械鎧の修理の為、リゼンブールへと向かうエドとアル、そして護衛のアームストロング。
マルコ－から密かに受け取ったメモには、『賢者の石』に関する研究資料の隠し場所が記されていた。
その場所は、セントラル図書館・第一分館。二人は、ようやく掴んだ『賢者の石』の手がかりに向け、今また出発する。

脚本：會川 昇　絵コンテ：京田知己　演出：橋本昌和　作画監督：関口可奈味

スカーに追い詰められたエドとアルは、間一髪の所をアームストロングに助けられ、
マルコーを連れて逃げる。
スカーがイシュヴァール人であることを知ったマルコーは、過去に起きた戦争のことを語りだす……。
イシュヴァールの内乱の凄惨なる真実を。

脚本：會川 昇　絵コンテ：安田賢司　演出：安田賢司　作画監督：稲留和美

かつてイシュヴァールの内戦中、軍から脱走した元国家錬金術師ドクター・マルコー。
『賢者の石』の研究者であった彼を訪ねて、ハイドウ村にやって来た二人。
エドは、マルコーが軍から持ち出した『賢者の石』の研究資料を見せてほしいとせまる…。

脚本：會川 昇　絵コンテ：岩崎太郎　演出：岩崎太郎　作画監督：向田 隆

国家錬金術師としての調査報告のために、軍・東方司令部を訪れたエドとアル。
エドはゼノタイムで聞いたドクター・マルコーの噂を、マスタングに尋ねてみるが
軽くかわされてしまう。
そこでエドは一計を案じ、マルコーの情報を賭け、マスタングと模擬戦闘を行なうことになった。

脚本：會川 昇　絵コンテ：安藤真裕　演出：安藤真裕　作画監督：小栗寛子

エルリック兄弟の名を騙り、『賢者の石』の研究を続けていたラッセルとフレッチャー。
ラッセルは、マグワールより『赤い水』から『賢者の石』を精製するために、
ある方法の実行を命じられる。
しかしどうしても実行することの出来ない彼らは、地下牢に捕らえられてしまう。

脚本：石川 学　絵コンテ：笹木信作　演出：阿宮正和　作画監督：門 智明

『賢者の石』の噂を聞いて、金の産地・ゼノタイムにやって来たエドとアル。
かつて栄華を誇った町はいつしか寂れ、
町の人々はマグワールが研究している『賢者の石』に最後の望みを託していた。
エドとアルはそこで偽のエルリック兄弟の存在を知る。

脚本：高橋ナツコ　絵コンテ：京田知己　演出：角田一樹　作画監督：伊藤秀樹

マスタング大佐へ報告に向かう途中、水の都・アクロイアで途中下車するエドとアル。
アクロイアは観光名所として有名な街だが、
最近サイレーンという正体不明の怪盗が出没しているという。
手掛かりと言えば一つだけ、錬金術を使うこと。
エドとアルは、街の刑事から捜査協力の依頼を受けることになったが…。

脚本：井上敏樹　絵コンテ：京田知己　演出：橋本昌和　作画監督：関口可奈味

自分の小ささ、無力さを感じつつも、目的に向かっていくため、
国家錬金術師になることを決意するエド。
それは様々な特権を得ると同時に、”軍の狗”になることを意味していた。
そんな中、マスタングから国家錬金術師としての初任務の伝令を受ける。

脚本：高山カツヒコ　絵コンテ：水島精二･横山彰利　演出：大槻敦史
作画監督：菅野宏紀

ニーナを救う事が出来なかったエドは、後悔と自分の無力さを噛み締めていた。
そんなエドにマスタングは、タッカーの残した研究の分析を命じる。
冷徹ともいえる命令にエドは反発し、一人、ニーナ殺害犯の捜査をはじめる。

脚本：會川 昇　絵コンテ：橘 正紀　演出：秦 義人　作画監督：向田 隆

難関の「国家錬金術師試験」に12歳にして合格し、最年少記録を塗り替えたエド。
マスタングより国家錬金術師の証である、銀時計を受け取る。
タッカー家では、お祝いパーティーが開かれ、はしゃぐニーナやアレキサンダー。
そんな中、タッカーは迫りくる査定の日に苦しみ、追い詰められていく…。

脚本：會川 昇　絵コンテ：水島精二・安田賢司　演出：安田賢司
作画監督：稲留和美

エドとアルは「国家錬金術師試験」にむけて、マスタング中佐の紹介で生体錬成の第一人者である
「綴命の錬金術師ショウ・タッカー」の家で過ごすことになった。
タッカーの娘のニーナ、愛犬のアレキサンダーの励ましを受け、日々勉学に没頭する二人。
そして当日、軍司令部・議事堂内には試験に挑むエドとアルの姿があった。

脚本：高橋ナツコ　絵コンテ：角田一樹　演出：松浦錠平　作画監督：門智明

国家錬金術師になるために、セントラルに向うエドとアル。
二人は、マスタングの指示により、セントラル行きの列車に飛び乗る。
だかその列車は、指導者開放を目論む、西部解放戦線「青の団」が、列車ジャックを企てていた。


脚本：吉永亜矢　絵コンテ：笹木信作　演出：うえだしげる
作画監督：古賀誠　中本尚子　中澤勇一

国家錬金術師になるために、生まれ故郷のリゼンブールから旅立ったエドとアル。
途中、マジハールという錬金術師の風評を聞き、彼の住むリンター村を訪れる。
だがその村では、死者が甦り次々に人々を襲うという、不吉な噂が流れていた。

脚本：井上敏樹　絵コンテ：安田賢司　演出：中村賢太朗　作画監督：芝美奈子

旅の途中、立ち寄った街角の古本屋で、錬金術の入門書をみつけるエドとアル。
昔、それを使って勉強していたときの頃のことを思い出す。
それはまだ二人が幼い時、故郷リゼンブール村で暮らしていた頃のことだった。
彼らは、お母さんの喜んだ顔がみたい、その一心で、競って錬金術にのめり込んでいった…。

脚本：會川 昇　絵コンテ：金子伸吾　演出：金子伸吾　作画監督：小栗寛子･伊藤秀樹

『賢者の石』をめぐり、コーネロ教主とリオールの教会・秘密地下室で対決するエルリック兄弟。
だがそこに、教主の危機を聞きつけたレト教の信者たちが乱入してくる。
街中に逃れた二人だが、信心深いリオールの町人たちに見つかり、包囲されてしまう。
「奇跡の御業」によって動き出したレト神像によって、アルは破壊され、エドは捕らえられ、
コーネロの前に引きずりだされてしまう。

脚本：會川 昇　絵コンテ：安田賢司　演出：安田賢司　作画監督：菅野宏紀

強大なる力を秘めるという「賢者の石」を求めて、旅を続けるエルリック兄弟。
兄のエドワードは、弱冠15歳ながら史上最年少で国家錬金術師の資格を得た、天才錬金術師。
弟のアルフォンスは、見た目は屈強な鎧姿だが、心優しい14歳の少年である。
東部辺境の町、リオールにやってきた二人は、そこで太陽神レトの代理人を名乗る、
コーネロ教主の「奇跡の御業」を目撃するが…。

脚本：會川昇　絵コンテ：水島精二　演出：角田一樹　作画監督：伊藤嘉之